ProteinMPNN

מה זה

מזינים קובץ מבנה חלבוני או טקסט מתאים, ומגדירים אילו שרשראות לתכנן ואילו להשאיר קבועות. אפשר לקבוע גם רעש לשלד החלבוני, טמפרטורת דגימה, כמות רצפים מבוקשת, והחרגה של חומצות אמינו מסוימות. הפלט כולל רצפים מעוצבים, טבלאות וגרפים של הסתברויות חומצות האמינו, וקבצי csv להורדה.

המערכת מריצה את מודל ProteinMPNN לתכנון רצפים הפוך לפי מאמר המחקר של דאופראס ועמיתיו ממעבדת בייקר. בנוסף, הקוד כולל שילוב של AlphaFold דרך ColabFold כדי לאמת את התוצאות, לחזות את המבנה של הרצפים החדשים, ולהציג מדדי pLDDT וגרפי שגיאת יישור.

מתאים ל

• תכנון רצפים לחלבון קיים

  יצירת רצפי חומצות אמינו חדשים שיתקפלו לשלד מבני נתון.

• אופטימיזציה למקטעים

  קיבוע שרשראות ספציפיות ושינוי רצף ממוקד באזורים מוגדרים בלבד.

• אימות קיפול באלפאפולד

  חיזוי מבנה הרצפים המתוכננים ובדיקת מדדי ביטחון כמו pLDDT.

איפה זה נופל

הבעיה המיידית היא שהאפליקציה במצב תקול ולא מגיבה כלל. מעבר לזה, שילוב של אלפאפולד לאימות כל הרצפים על חומרת T4 צנועה הוא תהליך כבד שיכול להיגרר או להיכשל, במיוחד עבור חלבונים גדולים או מספר רב של מיחזורים.

איך משתמשים

בוחרים קובץ, מכוונים את הגדרות התכנון בלשונית הייעודית, ולוחצים על כפתור ההרצה כדי לייצר את הרצפים. לבדיקת המבנה לוחצים בנפרד על כפתור ההרצה של אלפאפולד, וממתינים לעיבוד. ההרצה מוגדרת על מעבד גרפי t4-small, אבל כרגע האפליקציה נמצאת במצב שגיאת ריצה כך שהיא אינה פועלת בדפדפן.

הרישיון

הפרויקט מופץ תחת רישיון MIT. הרישיון חופשי ומתיר שימוש, העתקה, שינוי ושילוב בקוד מסחרי או פרטי, ללא הגבלה על התוצרים שמופקים ממנו.

• שימוש מסחרי
• שינוי הקוד
• הפצה מחדש

הרישיון המלא ב־Hugging Face ↗