diffdock

מה זה

אתם מעלים קובץ מבנה של חלבון בפורמט PDB ומגדירים ליגנד באמצעות מחרוזת SMILES או העלאת קובץ SDF או MOL2. הממשק מאפשר לקבוע פרמטרים כמו מספר צעדי ההסקה, כמות הדגימות המבוקשת וביטול רעש בצעד האחרון. בסיום התהליך מופקת רשימת תוצאות מדורגת לפי מודל ביטחון, תצוגה ויזואלית של הקומפלקס וקובץ תוצאות להורדה.

מאחורי הקלעים רץ אלגוריתם דיפוזיה שמבצע צעדים, סיבובים והתאמות גמישות במרחב התלת ממדי של הליגנד מול הקולטן. המערכת משתמשת במודל שפה חלבוני מסוג ESM2 ליצירת שיכונים עבור החלבון, ובשני מודלים נפרדים: מודל ציונים שיוצר את הקונפורמציות ומודל ביטחון שמדרג את איכות הקישור שלהן. בדוגמאות המובנות בממשק תמצאו קומפלקסים מוכנים מראש כמו 6w70, 6moa, 6o5u ו־6ahs, שכוללים קובצי PDB וליגנדים תואמים.

מתאים ל

• חיזוי עגינה של מולקולה בודדת

  העלאת חלבון PDB וליגנד כקובץ SDF או מחרוזת SMILES לצורך קבלת קונפורמציות קישור מדורגות.

• בדיקת דוגמאות מובנות

  הרצת מבנים מוכנים כמו 6w70 לבחינת אופן הפעולה והתוצאות שמפיק המודל.

• הורדת תוצאות לניתוח חיצוני

  שמירת קובץ הפלט המכיל את המבנים המחושבים ופתיחתו בתוכנות ויזואליזציה מולקולרית.

איפה זה נופל

ההגבלה הראשית כרגע היא טכנית לחלוטין: הדף מושבת בשל שגיאת ריצה ולא מתפקד. מעבר לכך, חישוב שיכוני ESM2 והסקה עבור 40 דגימות דורשים זיכרון וזמן מעבד גרפי שלרוב מביאים לחריגה ממשאבי השרת החינמי. חיזוי חישובי גם אינו מחליף בדיקה מבנית ניסויית, והמודל עלול לייצר קונפורמציות לא ריאליות.

איך משתמשים

טוענים את קובץ החלבון והליגנד, מתאימים את המחוונים ולוחצים על כפתור Run predictions. המרחב מוגדר על חומרת T4-small, כך שחישוב עגינה עם עשרות דגימות דורש עיבוד גרפי ממושך. כרגע המרחב נמצא במצב RUNTIME_ERROR, כלומר ההדגמה קרסה ולא תבצע חישוב בלחיצה עד שיוצר המרחב יתקן אותה.

הרישיון

הקוד פתוח תחת רישיון MIT שמאפשר שימוש חופשי, שינוי והפצה, כולל שימוש מסחרי. החומרים שאתם מעלים מועברים לשרתי Hugging Face לצורך עיבוד, ולכן לא מומלץ להזין נתונים רגישים או מולקולות תחת פטנט.

• שימוש מסחרי
• שינוי הקוד
• הפצה מחדש

הרישיון המלא ב־Hugging Face ↗