simonduerr/boltz-1

מה זה

מזינים שם למשימה ומגדירים את נתוני הקלט בעזרת רכיב cofolding ייעודי שמיועד למולקולות. המערכת מריצה ברקע את המשקלים של מודל boltz-1 מבית boltz-community, ומחזירה תצוגה תלת-ממדית אינטראקטיבית באמצעות רכיב Molecule3D ישירות בחלון הדפדפן.

בלשונית ההגדרות אפשר לשנות פרמטרים טכניים של תהליך החיזוי, כמו מספר צעדי המיחזור שמוגדר כברירת מחדל על 3, מספר צעדי הדגימה שעומד על 100, וכמות דגימות הדיפיוזיה. הממשק כולל דוגמאות מובנות להרצה מהירה כדי להמחיש את אופן הזנת הרצפים והקומפלקסים עוד לפני שמזינים נתונים עצמאיים.

מתאים ל

• חיזוי קיפול מולקולרי

  הרצת מודל boltz-1 על רצפי קלט כדי לבחון מבנה תלת-ממדי משוער.

• בדיקת אינטראקציות עם ליגנד

  שילוב ליגנדים לפי קוד CCD של שלוש אותיות בתוך חישוב הקומפלקס.

• התנסות בפרמטרי דיפיוזיה

  כוונון ידני של צעדי מיחזור ודגימה לבחינת השפעתם על הפלט.

איפה זה נופל

הקוד לא תומך כרגע בקובצי SDF וזורק שגיאה מפורשת אם מנסים להשתמש בהם. בנוסף, ליגנדים חייבים להיות מוגדרים אך ורק כקודי CCD באורך שלוש אותיות, ומודיפיקציות קוולנטיות עדיין חסומות לשימוש. שמות משימה עם תווים מיוחדים יכשילו את ההרצה מיד.

איך משתמשים

בוחרים שם פשוט למשימה באותיות רגילות, מזינים את המולקולות ולוחצים על predict. התהליך רץ על חומרת zero-a10g שמקצה מעבד גרפי לפי דרישה בעזרת spaces, ולכן ייתכן שתמתינו כמה שניות להקצאת המשאב לפני שהחישוב יתחיל בפועל. אין צורך בהתקנה מוקדמת או בפקודות טרמינל.

הרישיון

הקוד מפורסם תחת רישיון mit שמאפשר שימוש חופשי ושינויים. הקלט והחיזויים עוברים דרך השרת שעליו רץ ה־Space, ולכן כדאי לקחת את זה בחשבון אם עובדים עם רצפים רגישים או קנייניים.

• שימוש מסחרי
• שינוי הקוד
• הפצה מחדש

הרישיון המלא ב־Hugging Face ↗