PROTEIN_GENERATOR
רץ בדפדפןmerleרישיון לא דווח2023-04-09
הממשק מייצר רצפי חלבונים ומבנים תלת ממדיים לפי אורך, רצף קיים או אילוצים מבניים. הוא מיועד לחוקרים בביולוגיה חישובית שרוצים לבדוק תכנון חלבונים מהדפדפן.
- —הורדות בחודש
- 108לייקים
מה זה
אתם בוחרים אם להזין אורך רצוי בין 5 ל־250 חומצות אמינו, או להקליד רצף קיים עם אפשרות למיסוך אותיות. מעבר לזה, אפשר לכוון העדפה למבנה שניוני כמו סלילים, גדילים ולולאות באמצעות סליידרים או מחרוזת מפורשת, להגדיר הטיה לחומצות אמינו מסוימות, ואפילו לכוון ציון הידרופובי למסיסות טובה יותר.
מאחורי הקלעים הקוד מריץ מודל דיפוזיה לרצפים ומוריד משקלים של protenix-v2 מ־Hugging Face, לצד שילוב ספריות כמו py3Dmol להצגת התוצאה התלת ממדית ו־writepdb ליצירת קובצי מבנה. לפי התיעוד והקוד, מדובר ביישום המבוסס על פרויקט protein_generator מבית RosettaCommons.
מתאים ל
- תכנון דה-נובו קצר
יצירת רצפים ומבנים חדשים לחלוטין באורך מוגדר מראש של עד 250 חומצות אמינו.
- השלמת מקטעים ברצף
שימוש במיסוך אותיות ברצף קיים לצורך תכנון מחדש של מקטעים ספציפיים בחלבון.
- הטיית מסיסות ומבנה
כוונון הרכב חומצות האמינו והמבנה השניוני כדי להפחית הידרופוביות ולהעלות יציבות.
איפה זה נופל
האורך המקסימלי מוגבל ל־250 חומצות אמינו, כך שאי אפשר לתכנן כאן קומפלקסים או חלבונים גדולים באמת. בנוסף, הממשק לא כולל כלי ולידציה או חיזוי יציבות מעבר לפרמטרים הבסיסיים של הדיפוזיה, ואין לדעת מהטיפול בגרדיו אם המבנה שנוצר אכן יתקפל במציאות בלי לבדוק אותו בכלים חיצוניים.
שאלות
נפוצות
האם השימוש בממשק עולה כסף?
לא, הגישה דרך הדפדפן בחינם. עם זאת, המופע נמצא כרגע במצב שינה ודורש המתנה להתעוררות החומרה.
כמה זמן לוקח לקבל תוצאה?
זה תלוי באורך הרצף ובמספר צעדי הדיפוזיה שבחרתם בהגדרות. מאחר שהשרת רץ על כרטיס מסך T4 קטן, חישוב של רצף ארוך יכול לקחת כמה דקות.
מה קורה לרצפים שאני מקליד בממשק?
המידע נשלח ומעובד ישירות על התשתית הציבורית של Hugging Face. אם מדובר ברצפים סודיים או פטנטביליים, לא מומלץ להעלות אותם לכאן.
אפשר להריץ את זה מקומית?
כן, הקוד מפנה למאגר של RosettaCommons בגיטהאב. משם אפשר להוריד את הקבצים ולהריץ אותם על שרת עצמאי.
איך משתמשים
לוחצים על הלשונית Sequence Diffusion, מזינים את הפרמטרים הרצויים ומפעילים את הריצה. כרגע השרת נמצא במצב שינה, כך שהטעינה הראשונה תדרוש המתנה עד שהמכונה תתעורר ותוריד את המשקלים. החומרה שעליה הוא רץ היא כרטיס T4 בסיסי, מה שאומר שחישובי דיפוזיה על חלבונים ארוכים ייקחו זמן, ואין כאן התחייבות לזמני תגובה מיידיים.
הרישיון
לא דווח רישיון בעמוד של הפרויקט. המשמעות היא שאין הרשאה ברורה לשימוש מסחרי בקוד או בפלטים, וכל רצף שאתם מעלים או מריצים עובר דרך שרתי Hugging Face הציבוריים.