fairchem_uma_demo
רץ בדפדפןfacebookרישיון לא דווח2025-04-08
הדגמה להרצת סימולציות דינמיקה מולקולרית ואופטימיזציית מבנה אטומי ישירות בדפדפן. היא מיועדת לחוקרים ומהנדסי חומרים שרוצים לבחון את המודלים של מטא בלי להתקין סביבות חישוב מקומיות.
- —הורדות בחודש
- 69לייקים
מה זה
מעלים קובץ מבנה אטומי בפורמט כמו PDB, CIF, XYZ או קובץ מסלול, ובוחרים משימה כימית מתאימה. אפשר להגדיר פרמטרים כמו מספר צעדים, טמפרטורה, גודל צעד זמן, מטען כולל וריבוי ספין, ואז להריץ אופטימיזציה גיאומטרית או סימולציית דינמיקה מולקולרית. התוצאה המוצגת היא ויזואליזציה תלת ממדית של המולקולה או הגביש, קובץ מסלול להורדה, לוגים וקוד פייתון שמאפשר לשחזר את החישוב.
מאחורי הקלעים רץ UMA 1.2.1, מודל רשת גרפים מסוג mixture of linear experts שאומן על מיליארדי אטומים ממאגרי הנתונים של פייסבוק כמו OMAT24 ו־OMC25. המודל מחשב אנרגיות, כוחות ולחצים כדי להחליף חישובי תורת פונקציונל הצפיפות. הממשק מציג דוגמאות מובנות מגוונות, כולל קומפלקס מתכת, גביש אנאורגני, חלבון, ננו חלקיק זהב ומבנה של ספיחת פחמן דו חמצני על גבי מסגרת מתכתית אורגנית.
מתאים ל
- אופטימיזציית מבנה גבישי
הרפיית תא יחידה ומציאת גיאומטריה יציבה של גבישים אורגניים ואנאורגניים במהירות.
- סימולציית תנודות תרמיות
בדיקת יציבות ומעקב אחרי תנועת אטומים בקומפלקסים מתכתיים או חלבונים.
- בדיקת ריאגנטים וזרזים
הערכת תצורות ספיחה של מולקולות כמו פחמן דו חמצני על פני משטחים וסריגים.
איפה זה נופל
ההדגמה מוגבלת למקסימום חמש מאות צעדי דינמיקה מולקולרית, טווח קצר מאוד שלא מספיק למחקר אמיתי אלא רק להתרשמות ראשונית. בנוסף, חומרת השרת מבוססת מעבד רגיל, כך שמבנים גדולים במיוחד עלולים להגיב באטיות רבה או לקרוס. אסור להתבלבל בין ביצועי ההדגמה בדפדפן לבין היכולת המלאה של המודל בסביבת שרתים ייעודית עם מאיצים גרפיים.
שאלות
נפוצות
האם השימוש בהדגמה עולה כסף?
השימוש חופשי לגמרי ופתוח לכולם ישירות בדפדפן. אין צורך להכניס אמצעי תשלום ואין מגבלה מוצהרת על מספר הפעמים שאפשר ללחוץ על הרצה.
האם אפשר להריץ את זה מקומית על המחשב שלי?
כן, הממשק מספק קוד לשחזור ההרצה, והמודלים עצמם זמינים להורדה בעמוד של פייסבוק בהאגינג פייס. בשביל להריץ אותם מקומית בצורה סבירה תצטרכו סביבת פייתון מתאימה ומעבד גרפי חזק.
כמה זמן לוקחת כל סימולציה?
הדוגמאות המובנות מוכנות מראש ונפתחות תוך שניות בודדות. אם מעלים קובץ עצמאי ומגדירים מאות צעדים, החישוב עשוי להימשך מספר דקות כי החומרה שמריצה את ההדגמה היא מעבד מרכזי בלבד.
במה ההדגמה שונה מהמודל המלא?
ההדגמה מגבילה את מספר הצעדים ופרמטרי החישוב כדי להתאים לסביבת ווב קלה, והיא מציגה חלק מהתוצאות מתוך מטמון שמור מראש. המודל עצמו גמיש בהרבה, ומאפשר לכתוב סקריפטים מורכבים ללא מגבלת צעדים או מבנים.
איך משתמשים
בוחרים דוגמה מהטאבים או מעלים קובץ משלכם, מכוונים את הסליידרים של מספר הצעדים ולוחצים על כפתור ההרצה. הממשק פתוח לשימוש חופשי בדפדפן ללא צורך בהתחברות או יצירת חשבון. השרת פועל על שדרוג מעבד בלבד, כך שחישובים ארוכים עם מאות צעדים עלולים לקחת זמן, במיוחד אם אין מעבד גרפי זמין ברקע. הדוגמאות המוכנות מראש נטענות מיידית הודות לשמירה במטמון.
הרישיון
הרישיון של המרחב עצמו לא דווח בעמוד. עם זאת, מודל הבסיס זמין תחת רישיון ייעודי של FAIR Chemistry, מה שמחייב בדיקה של תנאי השימוש המדויקים לפני שמשלבים תוצרים בעבודה מסחרית. אין מידע על שמירת המבנים שאתם מעלים, ולכן עדיף להימנע מהעלאת מולקולות סודיות או קנייניות.