GPT
S

SMolInstruct

קוד פתוח

osunlpcc-by-4.02024-02-13

  • chemistry
  • molecule
  • small molecule
  • instructions

מאגר הוראות לכימיה של מולקולות קטנות עם מעל 3 מיליון דוגמאות. הוא מרכז 14 משימות שונות ומאפשר אימון מודלי שפה על ייצוגי מולקולות סטנדרטיים.

  • 918הורדות בחודש
  • 51לייקים

מה זה

המאגר כולל יותר מ־3 מיליון רשומות שמחולקות ל־14 משימות מוגדרות בעולם הכימיה. בין המשימות תמצאו סינתזה ישירה ורטרו-סינתזה, יצירת תיאורים למולקולות, המרת שמות כימיים בין פורמטים שונים וחיזוי תכונות מולקולריות כמו מסיסות, רעילות קלינית וחדירות למחסום דם-מוח.

איסוף המידע נעשה ממקורות שונים ברשת, ולאחר מכן עבר בקרת איכות קפדנית לסינון מולקולות לא תקינות כימית, מידע שגוי וכפילויות. הייצוגים הכימיים נשמרים בפורמט קנוני, כאשר כל דגימה עטופה בתבניות הוראה טבעיות עם תגיות מיוחדות כמו סמייליס כדי להקל על חילוץ התשובות.

החלוקה הפנימית מכילה סטים קבועים של אימון, ולידציה ובדיקה, תוך הקפדה על מניעת דליפת מידע בין משימות שונות. בנוסף, המאגר מציע ייצוג מקביל לחלוטין בפורמט סלפיס למי שמעדיף להימנע ממבני סמייליס שבירים.

מתאים ל

  • אימון מודלי כימיה

    כיוונון מודלי שפה גנרטיביים לפתרון משימות כימיות מורכבות על מולקולות קטנות.

  • תכנון סינתזה ורטרו-סינתזה

    חיזוי מסלולי תגובה ופירוק של מולקולות באמצעות הוראות טקסט ישירות.

  • חיזוי תכונות מולקולריות

    הערכת תכונות ביולוגיות ורפואיות כמו רעילות ומסיסות ישירות ממבנה המולקולה.

איפה זה נופל

כל הטקסט וההוראות בנויים באנגלית בלבד, ואין פה שום תמיכה בשפות אחרות. המיקוד הוא אך ורק במולקולות קטנות, כך שביולוגיה מורכבת כמו חלבונים או רצפי די-אן-אי גדלים לא קיימת כאן. מעבר לכך, למרות הסינון הכימי, מודלים שמאומנים על הטקסטים האלה עלולים לייצר הלוצינציות של תגובות כימיות לא ישימות במעבדה, ולכן אי אפשר להסתמך עליהם לייצור פיזי בלי בדיקה אנושית מקצועית.

שאלות
נפוצות

האם המאגר זמין לשימוש מסחרי?

כן, רישיון cc-by-4.0 מאפשר שימוש מסחרי מלא, כולל אימון מודלים למוצרים סגורים. הדרישה המרכזית היא מתן קרדיט ברור למחברים של הדאטהסט. המפרסמים מבקשים להימנע משימושים שעלולים להזיק לחברה.

האם יש במאגר נתונים בעברית?

לא, כל ההוראות, השאלות ותיאורי המולקולות מנוסחים באנגלית בלבד לצד נוסחאות כימיות. אם תרצו להשתמש בו בעברית תצטרכו לתרגם את תבניות ההוראה בעצמכם. שמות המולקולות והמבנים הכימיים ממילא כתובים בייצוג בינלאומי.

מה ההבדל בין שימוש בסמייליס לסלפיס כאן?

הדאטהסט מגיע עם תמיכה מובנית בשני הפורמטים לבחירתכם בעת הטעינה. סמייליס הוא הפורמט הנפוץ יותר אך לעיתים נוטה לשגיאות תחביר ביצירה חופשית, בעוד סלפיס מבטיח תקינות מבנית של כל מולקולה שנוצרת.

איך אפשר לבדוק ביצועים במהירות בלי להוריד הכל?

היוצרים הוסיפו פרמטר שמאפשר לטעון רק תת-קבוצה קטנה של סט הבדיקה, שמכילה לכל היותר 200 דוגמאות לכל משימה. בנוסף אפשר להגדיר טעינה של מספר דוגמאות ראשונות בלבד כדי לבדוק שהקוד שלכם רץ חלק לפני אימון מלא.

איך טוענים

טוענים את הנתונים ישירות דרך ספריית הדאטהסטס באמצעות הסקריפט SMolInstruct.py שנמצא במאגר, בלי צורך באישור גישה מיוחד. המאגר מכיל קובץ data.zip שממנו נפרקות הדגימות, וכולל מזהה ייחודי לכל רשומה. כברירת מחדל הנתונים נטענים בפורמט סמייליס, אך אפשר להעביר דגל מפורש כדי לקבל ייצוגי סלפיס. אפשר גם לטעון רק משימות ספציפיות מתוך ה־14, לשלוט על הוספת תגיות הליבה, או להשתמש בתת-קבוצת בדיקה מצומצמת של עד 200 דוגמאות למשימה כדי לקצר זמני בדיקה.

from datasets import load_dataset

ds = load_dataset("osunlp/SMolInstruct")

הרישיון

המאגר מופץ תחת רישיון cc-by-4.0. המשמעות היא שמותר להשתמש בו לצרכים מסחריים ומחקריים, לשנות אותו ולבנות עליו מודלים, כל עוד נותנים קרדיט מתאים ליוצרים מאוניברסיטת אוהיו סטייט. אין חובה לשתף את המודלים המאומנים תחת אותו רישיון.

  • שימוש מסחרי
  • שינוי הקוד
  • חובת ייחוס

הרישיון המלא ב־Hugging Face ↗