HEp2

מה זה

המאגר כולל בין עשרת אלפים למאה אלף תמונות מיקרוסקופיה של תאי HEp-2 שנצבעו בשיטות פלואורסצנטיות. כל תמונה מציגה דפוס קישור מסוים של נוגדנים עצמיים, תופעה שמסייעת בזיהוי מחלות אוטואימוניות שונות. המטרה המרכזית שלו היא לשמש מדד ביצועים מקובל בתחום הדימות הרפואי לסיווג אוטומטי של תבניות ANA.

הכרטיס מקשר למאמר משנת 2015 ולפרק בספר על למידה עמוקה לסיווג תאים, מהם נגזר המבנה של הנתונים. עם זאת, אין פירוט מפורש לגבי אופן הסינון, שלבי הניקוי שעברו התמונות, או חלוקה מובנית לחלקי בדיקה ואימון מעבר להגדרת ברירת מחדל בקוד.

מתאים ל

• סיווג דפוסי ANA

  אימון רשתות נוירונים לזיהוי אוטומטי של תבניות צביעה פלואורסצנטיות בתאים.

• השוואת ביצועי מודלים

  בדיקת ארכיטקטורות ראייה ממוחשבת מול בנצ'מרק מוכר בתחום התא הפלואורסצנטי.

• מחקר בדימות רפואי

  פיתוח אלגוריתמים לחילוץ מאפיינים גרפיים מדגימות מיקרוסקופיות מורכבות.

איפה זה נופל

התיעוד דל מאוד בכל הנוגע למקור הקליני של הדגימות, חלוקת המחלקות, או תנאי הצילום והמיקרוסקופיה שבהם הופקו התמונות. הנתונים מתבססים על מחקר שהועלה עוד ב־2015, ולכן שיטות המדידה או הציוד עשויים להיות מיושנים לעומת מעבדות עכשוויות. לפני שמכניסים מודל כזה למערכת רפואית אמיתית, חובה לבדוק התאמה למצלמות מודרניות ולוודא שהתיוגים מדויקים ואינם סובלים מהטיות של מעבדה בודדת.

איך טוענים

טוענים אותו ישירות דרך ספריית datasets בפייתון בעזרת הפקודה load_dataset עם המזהה Genius-Society/HEp2 והפיצול train. הנתונים מאוחסנים בארבעה קבצים במאגר, ביניהם קובץ מכווץ בשם data.zip, כך שיש לוודא שיש מספיק מקום פנוי בדיסק ובזיכרון לחילוץ התמונות.

הגישה פתוחה לחלוטין ואין צורך בבקשת אישור גישה מראש. אם מושכים את המאגר דרך גיט יש להשתמש בתוסף Git LFS כדי להוריד את קובצי המדיה בצורה תקינה.

from datasets import load_dataset

ds = load_dataset("Genius-Society/HEp2")

הרישיון

הרישיון המדווח הוא MIT. מותר להשתמש בנתונים למטרות מסחריות, לשנות אותם ולשלב אותם בקוד סגור, בתנאי ששומרים על הודעת זכויות היוצרים המקורית. הרישיון אינו כופה שיתוף של מודלים שאומנו עליו תחת אותו רישיון.

• שימוש מסחרי
• שינוי הקוד
• הפצה מחדש

הרישיון המלא ב־Hugging Face ↗