DiffDock-Web
רץ בדפדפןreginabarzilaygroupרישיון לא דווח2024-02-21
חיזוי חיבור מולקולרי בין חלבון לליגנד ישירות בדפדפן. הכלי מתאים לחוקרים בביוכימיה וביולוגיה חישובית שרוצים לבדוק התאמה בודדת בלי להתעסק בהתקנות.
- —הורדות בחודש
- 44לייקים
מה זה
מעלים קובץ חלבון יחיד בפורמט PDB וקובץ ליגנד יחיד בפורמט SDF כדי לחשב את מבנה הקשירה המשוער ביניהם. הפלט כולל הדמיה תלת ממדית של המבנה החזוי ישירות במסך, יחד עם אפשרות להוריד את קובץ התוצאה למחשב לצורך המשך אנליזה בתוכנות אחרות.
מאחורי הקלעים רץ DiffDock, מודל דיפוזיה שמכוון לפתור את בעיית העגינה המולקולרית. במקום להתבסס רק על פונקציות ניקוד פיזיקליות קלאסיות וחיפוש קונפורמציות ידני, המודל מתייחס לקשירה כאל תהליך יצירתי הסתברותי. מדובר בממשק דפדפן בסיסי עטוף בקונטיינר docker, שנועד להציג את יכולות המודל המקורי באופן נגיש ומהיר למי שרוצה לבחון דוגמה אחת ולא מעוניין להריץ קוד מקומי.
מתאים ל
- בדיקת עגינה מהירה
הרצת חיזוי למבנה קומפלקס של חלבון וליגנד ספציפיים בלי להגדיר סביבת עבודה מקומית.
- הצגה תלת ממדית
צפייה מהירה בקונפורמציה המשוערת ישירות בדפדפן לפני בדיקות מעבדה.
- הורדת תוצאות להמשך עיבוד
יצוא קובץ המבנה החזוי לניתוח מעמיק בתוכנות ייעודיות לביולוגיה מבנית.
איפה זה נופל
כרגע מדווחת שגיאת ריצה כללית בעמוד, כך שהממשק לא מגיב בפועל. בנוסף, הוא מוגבל לזוג אחד בלבד בכל פעם, חלבון אחד וליגנד אחד, ללא שום תמיכה בסריקה של ספריות חומרים. לחישובים מרובים צריך לעבור ישירות לכלי שורת הפקודה.
שאלות
נפוצות
האם השימוש בממשק עולה כסף?
הגישה פתוחה וחינמית לחלוטין בדפדפן. העלות נכנסת לתמונה רק אם בוחרים לשכפל את הממשק לחשבון אישי ולהריץ אותו על חומרת GPU.
מה קורה עם הקבצים שאני מעלה?
הקבצים נשלחים לעיבוד בשרת ציבורי שמריץ את הקונטיינר. מאחר שלא הוגדר רישיון או הסכם שימוש, אין להעלות מולקולות תחת סודיות מסחרית.
במה הממשק שונה מהרצת המודל המקורי?
הממשק מוגבל לזוג בודד בכל פעם ורץ לאט על מעבד רגיל. המודל המקורי מופעל משורת הפקודה, מנצל כרטיסי מסך ומאפשר סריקה של כמויות גדולות.
איך משתמשים
טוענים את שני הקבצים ולוחצים על כפתור ההרצה. הממשק פועל על מעבד רגיל ולא על מאיץ גרפי, לכן כל חישוב לוקח כמה דקות. אם צריך חישובים מהירים יותר, אפשר לשכפל את החלל לחשבון פרטי דרך התפריט העליון ולהגדיר עבורו מעבד גרפי בתשלום.
הרישיון
הרישיון של המרחב הזה לא דווח. המשמעות היא שאין תנאי שימוש מוגדרים מראש עבור התוצאות, ולא ברור האם מותר להשתמש בהן לפיתוח מסחרי. כדאי להתייחס למידע שמעלים ככזה שעובר דרך שרת ציבורי ללא התחייבות לפרטיות.