Medical-Note-Deidentification
רץ בדפדפןobimit2022-03-02
הסרת פרטים מזהים מסיכומי מחלה רפואיים, מיועד לצוותים רפואיים וחוקרים שרוצים לנקות שמות, תאריכים ומספרי טלפון מטקסטים קליניים. הממשק מאפשר לבחון את המודלים על דוגמאות באנגלית.
- —הורדות בחודש
- 39לייקים
מה זה
מכניסים לתיבת הטקסט סיכום רפואי גולמי באנגלית, ובוחרים מודל מתוך שתי אפשרויות: OBI-RoBERTa De-ID או OBI-ClinicalBERT De-ID. שניהם מבוססים על מודלים שהותאמו למשימת זיהוי ישויות קליניות לפי מאגר i2b2. בנוסף, יש אפשרות לקבוע סף שחזור (Recall threshold) של 99.5 או ללא סף, כדי להסיר מידע מזהה באופן מחמיר יותר.
הפלט מציג שתי תיבות. הראשונה מציגה את הטקסט המקורי כשהפרטים המזהים מודגשים ישירות בתוכו. השנייה מציגה טקסט רגיל שבו המידע המזהה כבר הוסר ונמחק.
דוגמאות המערכת כוללות סיכומי אשפוז, הערכות ייעוץ ובדיקות מעבדה באנגלית. הן מכילות פרטים כמו שמות מטופלים, כתובות מלאות בסן דייגו, תאריכי לידה, מספרי טלפון של רופאים ומספרים סידוריים של ציוד רפואי.
מתאים ל
- בדיקת הסרת פרטים באנגלית
בחינה מהירה של ביצועי RoBERTa ו־BERT על סיכומי מחלה קליניים באנגלית עם שמות, כתובות ותאריכים.
- השוואת ספי אגרסיביות
בדיקת ההבדל בזיהוי ישויות כאשר מגדירים סף שחזור של 99.5 לעומת ריצה רגילה ללא סף.
- למידת מבנה הקוד
בחינת אופן השימוש בספריית robust_deid יחד עם Gradio למי שבונה פתרון עצמאי להסרת ישויות.
איפה זה נופל
האפליקציה מדווחת כרגע על שגיאת ריצה (RUNTIME_ERROR), כך שהממשק בדפדפן פשוט לא עובד כרגע ולא ניתן להריץ בו טקסט בפועל.
גם כשהיא פעילה, המודלים אומנו על אנגלית ומאגר i2b2, כך שהם לא מיועדים לעברית. אם תזינו טקסט רפואי מקומי מקופת חולים, הוא לא יזהה שמות, תעודות זהות או כתובות ישראליות. בנוסף, אל תעלו מידע רפואי אמיתי ורגיש לממשק ציבורי בדפדפן.
שאלות
נפוצות
האם האפליקציה עובדת כרגע בדפדפן?
לא. הסטטוס שלה מוגדר כ־RUNTIME_ERROR, כך שיש שגיאה בהרצה והיא לא מגיבה. כדי להשתמש במודלים צריך להוריד אותם מקומית דרך הקוד.
באיזו שפה המודלים תומכים?
באנגלית בלבד. המודלים obi/deid_bert_i2b2 ו־obi/deid_roberta_i2b2 אומנו על מאגרי נתונים רפואיים באנגלית ולא יזהו שמות או מונחים בעברית.
האם בטוח להעלות לשם תיקים רפואיים אמיתיים?
לא. מדובר בהדגמה ציבורית ברשת, ואסור להעלות אליה מידע רפואי מזהה אמיתי (PHI). יש להשתמש בה רק עם נתונים סינתטיים או מומצאים.
האם אפשר להריץ את המערכת על המחשב שלי?
כן, הקוד מבוסס על רישיון MIT והמודלים זמינים להורדה. אפשר למשוך את הקבצים ולהריץ אותם בסביבה מקומית ומאובטחת.
איך משתמשים
לוחצים על אחת מארבע הדוגמאות המוכנות, או מדביקים טקסט משלכם לתיבת הקלט. בוחרים את המודל הרצוי, מגדירים את סף הזיהוי ולוחצים על שליחה. אין צורך בהרשמה או התחברות.
האפליקציה רצה על מעבד בסיסי (cpu-basic), מה שאומר שעיבוד של טקסטים ארוכים ייקח כמה שניות לכל ריצה.
הרישיון
הקוד מפורסם תחת רישיון MIT, שמאפשר שימוש חופשי, העתקה ושינוי, כולל לצרכים מסחריים. החומר שתעלו לדפדפן נשלח לשרת של האפליקציה, כך שאין להזין נתונים של מטופלים אמיתיים.
- שימוש מסחרי
- שינוי הקוד
- הפצה מחדש