cellpose
רץ בדפדפןmouselandbsd-3-clause-clear2025-04-27
הכלי מזהה תאים ותוחם אותם בתמונות מיקרוסקופיה. הוא מיועד לחוקרים שרוצים סגמנטציה מהירה ישירות מהדפדפן.
- —הורדות בחודש
- 80לייקים
מה זה
אתם מעלים תמונות מיקרוסקופיה בפורמטים כמו PNG, JPG או קובצי TIF מרובי שכבות, ומקבלים מפות קווי מתאר צבעוניות וזרימות תאים שמראות בדיוק איפה המודל סימן כל תא. התוצרים הסופיים זמינים להורדה כמסכות בפורמט TIF או כתמונת קווי מתאר בפורמט PNG, כולל אפשרות לאריזת ZIP בעיבוד של כמה קבצים במקביל.
מאחורי הקלעים רץ המודל CellposeSAM, גרסה מבוססת SAM של אלגוריתם Cellpose שרצה בקוד תחת השם cpsam או cpsam_v2. בממשק יש גלריית דוגמאות מובנית שמאפשרת לבחון את הזיהוי על תמונות תאים מוכנות מראש בלי להעלות דאטה משלכם.
מתאים ל
- סגמנטציית תאים בתמונה
זיהוי וציור גבולות של תאים מתוך תצלום מיקרוסקופ בודד בפורמט תמונה רגיל.
- עיבוד קובצי TIF מרובי שכבות
חילוץ מסכות סגמנטציה מלאות מכל החתכים של קובץ TIF מדעי והורדתן כקובץ.
- עיבוד אצווה של דגימות
העלאת קבוצת קבצים יחד והורדת כל המסכות בחבילת ZIP אחת.
איפה זה נופל
בתצוגה המקדימה של קובצי TIF מרובי שכבות רואים רק את החתך הראשון, אף שההורדה שומרת את כל השכבות. ההדגמה מוגבלת לתמונות מוקטנות לפי פרמטר max resize שמוגדר כברירת מחדל ל־1000 פיקסלים, כך שמי שמחפש פיקסל פרפקט על מיקרוסקופיה ברזולוציה ענקית יצטרך לבדוק היטב את הפלט הסופי או לעבוד מקומית.
שאלות
נפוצות
האם השימוש עולה כסף?
השימוש בכלי חינמי לגמרי. כדי להפעיל את המודל ייתכן שתצטרכו להתחבר לחשבון שלכם כדי לקבל מכסה של חמש דקות GPU ביום. המכסה הזו אמורה להספיק להרצה של מאות תמונות בודדות.
במה הדף הזה שונה מהרצת המודל מקומית?
הממשק כאן עוטף את המודל ומריץ אותו על גבי שרת מרוחק בלי צורך בהתקנת ספריות פייתון. מצד שני, הוא מוגבל לפרמטרים הבסיסיים שהוגדרו בו ומבצע הקטנה של תמונות לפי מגבלת גודל.
מה קורה עם קובצי TIF תלת ממדיים?
הממשק מציג על המסך רק את הסגמנטציה של השכבה הראשונה בקובץ. עם זאת, קובץ המסכות שאתם מורידים למחשב מכיל את כל השכבות שעובדו.
איך משתמשים
גוררים תמונה יחידה או מעלים חבילת קבצים דרך כפתור ההעלאה, מכווננים פרמטרים טכניים כמו גודל מקסימלי, סף זרימה וסף הסתברות, ולוחצים על Run CellposeSAM. החומרה מבוססת על כרטיס A10G שמוקצה דינמית, כך שהעיבוד עצמו זריז מאוד. אם משתמשים במכסה החינמית, ייתכן שתידרשו להתחבר לחשבון כדי לקבל עד חמש דקות שימוש ביום, זמן שמספיק לפי המפתחים לעיבוד של מאות תמונות בודדות.
הרישיון
הפרויקט מפורסם תחת רישיון bsd-3-clause-clear שמאפשר שימוש חופשי בקוד תוך שמירה על זכויות היוצרים ושלילת זכויות פטנטים מרומזות. הקוד לא מפרט תנאים משפטיים לגבי התמונות שאתם מעלים או מורידים דרך השרתים של Hugging Face.